Os anos 2000 começaram de maneira trágica para o rock brasileiro. Somente em 2001, quatro ocorrências graves acometeram figuras ligadas à música: em fevereiro, Herbert Vianna, guitarrista e vocalista dos Paralamas do Sucesso, sofreu um acidente com um ultraleve e ficou paraplégico. Com o tempo, recuperou-se parcialmente e voltou a fazer shows em uma cadeira de rodas. Marcelo Yuka, baterista d’O Rappa, foi baleado e também ficou paraplégico, dando fim à sua carreira nas baquetas. Marcelo Frommer, guitarrista dos Titãs, morreu atropelado por um motoqueiro em junho. E por último, mas não menos importante, Cássia Eller faleceu em 29 de dezembro, aos 39 anos, em razão de um infarto do miocárdio.
Os Raimundos sofreram uma separação e nunca mais foram os mesmos: o vocalista Rodolfo converteu-se ao cristianismo e saiu da banda para formar o projeto Rodox, que também acabaria algum tempo depois. Os Raimundos seguiram seu vocalista original, mas a banda não conseguiu repetir o mesmo sucesso de outrora.
Mas a década não foi formada apenas de tragédias: bandas que tiveram início anos antes lançaram discos a partir de 2000 e tiveram exposição na mídia. As bandas gaúchas Bidê ou Balde, Vídeo Hits e Cachorro Grande (em sua maioria influenciadas por bandas dos anos 60), despontaram para o cenário nacional: . Outros grupos como Ludov e Autoramas também conquistaram lugares de destaque no circuito independente e apareceram com vídeos na MTV.
O CPM 22 foi uma das primeiras bandas brasileiras de hardcore melódico a chamar atenção da grande mídia, abrindo caminho para uma nova geração de grupos que seguiam a mesma sonoridade. Em 2001, o grupo ganhou um disco de ouro pelo disco CPM 22, e em 2008 faturou um Grammy Latino de Melhor Álbum de Rock, por Cidade Cinza.
Pitty surgiu em 2003 com o disco Admirável Chip Novo, que vendeu mais de 700 mil cópias e tornou-se o álbum de rock mais vendido do Brasil naquele ano. A baiana não chama atenção apenas por fazer um som pesado com letras em português: em 2010, foi eleita a vocalista de rock mais sexy da América Latina e a 35ª do mundo.
A partir de anos 2000, a internet desempenhou um papel primordial na divulgação de bandas de rock independentes brasileiras, fazendo com que o fluxo de informações da cena fosse quase tão grande quanto o de grandes gravadoras. No início com a Tramavirtual, passando pelo MySpace, Orkut, LastFM e chegando até o Twitter e o SoundCloud, a web virou instrumento de expressão para que músicos espalhassem seu trabalho aos quatro cantos do mundo.
O Detonautas Roque Clube foi uma das primeiras bandas a ser beneficiada com o início da internet no Brasil; todos os membros do grupo foram recrutados por meio de chats na rede, e o nome da banda faz uma referência ao modo como a banda foi formada (Detonautas = detonadores + internautas).
Mas talvez o CSS (Cansei de Ser Sexy) seja a maior prova do poder da internet para o rock no Brasil. Formado por um grupo de amigos de São Paulo, o grupo chamou atenção do grande público por meio do Fotolog e de downloads na página da banda no site Tramavirtual. Antes mesmo de ter um contrato com uma gravadora, as faixas Meeting Paris Hilton e Superafim chegaram ao mainstream. Em 2006, o CSS assinou contrato com a Sub Pop e começaram sua primeira turnê internacional, passando por Europa e Estados Unidos.
Também a partir dos anos 2000, começaram a surgir bandas de rock com influências do emotional hardcore. Entre os maiores destaques estão as bandas Nx Zero e Fresno, que em suas músicas abordam letras simples e que tratam de sentimentos e emoções, altamente populares para o público jovem caracterizado com um visual com toques góticos.
Mas o emocore apenas preparou terreno para o que viria a seguir. As bandas Cine e Restart surgiram com seu Happy Rock em 2009, influenciados pelas melodias açucaradas do emo, mas com letras alegres, roupas com tons extravagantes e guitarras domesticadas. O chamado rock colorido ceifou especialmente o público feminino jovem e tomou conta do cenário musical brasileiro.
